Efter att prinsessan Peach har bett om hans hjälp på en skattjakt beger sig Mario till staden Rogueport. Men när han anländer är Peach ingenstans att se! När Mario får veta om legenden om Kristallstjärnorna ger han sig ut för att hitta dessa mytiska skatter och förhoppningsvis spåra Peach längs vägen. Naturligtvis är Mario inte den enda som hoppas hitta Kristallstjärnorna – och det är inte bara Bowser som vill ställa till problem den här gången heller! Kan vår hjälte hitta dessa forntida artefakter, öppna Tusenårsdörren och kanske till och med rädda världen?