De inwoners van Hyrule zijn verdwenen door vreemde scheuren die overal zijn verschenen, en omdat ook een bepaalde krijger nergens te bekennen is, is het nu aan prinses Zelda om haar koninkrijk te redden. Werk samen met de mysterieuze Tri en gebruik de kracht van Tri's staf om te leren hoe je echo's – imitaties van dingen die je om je heen vindt – kunt maken. Je kunt deze zogenaamde echo's vervolgens inzetten hoe je maar wilt om puzzels op te lossen en vijanden te vellen.